Atom: Bir elementin kimyasal özelliklerini taşıyan en küçük parçasına atom denir. Evrende bilinen bütün maddeler (kozmik madde, yüksek enerjili madde ve anti madde hariç), pozitif yüklü bir çekirdek ve etrafında dönen negatif yüklü elektronlardan oluşan yaklaşık 100 farklı atomdan meydana gelmektedirler. Atomun çekirdeği ise nükleon olarak adlandırılan ve elektronlara göre yaklaşık 2000 kat daha ağır olan, artı yüklü proton ve yüksüz nötronlardan oluşmaktadır. Dolayısıyla bu üç parçacık, etrafımızdaki sonsuz çeşitlilikteki maddenin temel yapı taşlarıdır. Şu andaki bilgilerimize göre elektronlar, kendilerini oluşturan alt parçacıklar olmadığından temel parçacık olarak kabul edilirler. Nükleonlar ise, elektronun “-1” yüklü olduğu varsayıldığında, “+2/3” veya “-1/3” elektrik yükünde olan “quark” adı verilen üç alt parçacıktan oluşmuşlardır.

Molekül: Doğada atomlar genellikle daha kararlı enerji seviyelerinde bulunmak amacıyla yörüngelerinde bulunan elektronları başka atomlarla paylaşırlar. Atomların bir araya gelmesi ile moleküller oluşur. Bir elementte aynı cins atomlar tek olarak veya moleküller halinde bir aradadır.

Kimyasal Tepkime: İki veya daha fazla sayıda madde bir araya geldiğinde, moleküllerdeki atomların aralarında yeniden düzenlenmesine kimyasal tepkime denir. Bu sırada elektronların paylaşılması da değişir. Kimyasal tepkimelerin bir özelliği, ilgili atomların çekirdeklerinde bulunan parçacık sayısının tepkime sırasında değişmemesidir.

Çekirdek Tepkimesi: Kimyasal reaksiyonların aksine atomların çekirdeklerinde bulunan parçacıkların kendi aralarında veya dışardan gelen bir etki ile değişimleri sonucunda çekirdek tepkimeleri oluşur. Çekirdek tepkimesi sonucunda eğer proton sayısı değişiyor ise farklı bir elemente ait bir atom oluşmuş olur.

Fisyon (Çekirdek Parçalanması): Fisyon bir nötronun, uranyum gibi ağır bir element atomunun çekirdeğine çarparak yutulması, bunun sonucunda bu atomun kararsız hale gelerek daha küçük iki veya daha fazla farklı çekirdeğe bölünmesi reaksiyonudur. Dolayısıyla Fisyon, bir çekirdek tepkimesidir. Parçalanma sonucunda ortaya çıkan atomlara fisyon ürünleri denir. Bunların bazıları radyoaktiftir. Bir nötron yutulması ile başlayan fisyon tepkimesi sonucunda, büyük miktarda enerji ile birlikte, birden fazla nötron ortaya çıkar. Çekirdek tepkimeleri sonucunda açığa çıkan enerji, kimyasal tepkimelere göre yaklaşık bir milyon kat düzeyinde daha fazladır.

Zincirleme Reaksiyon: Fisyon sonucunda ortaya çıkan nötronların, ortamda bulunan diğer fisyon yapabilen atom çekirdekleri tarafından yutularak, onları da aynı reaksiyona sokması ve bunun ardışık olarak tekrarlanmasıdır. Kontrolsüz bir zincirleme reaksiyon, çok kısa bir süre içinde çok büyük bir enerjinin ortaya çıkmasına neden olur. Atom bombasının patlaması bu şekildedir. Nükleer santrallerde ise zincirleme reaksiyon kontrollü bir şekilde yapılır. Bu kontrolün kaybedilerek nükleer yakıtın bir bomba haline dönüşmesi fiziksel olarak olanaksızdır.

Füzyon (Çekirdek Birleşmesi): Hafif radyoaktif atom çekirdeklerinin birleşerek daha ağır atom çekirdeklerini meydana getirmesi olayıdır. Füzyon tepkimesinde ortaya çıkan sıcaklık çok daha büyüktür. Güneşteki tepkimeler bu gruba girer.

The post Atom, Fisyon, Füzyon, Zincirleme Tepkime (Reaksiyon) Nedir? appeared first on TechWorm.

Uzay boşluğunda öylece duran Güneş’te sönmek bilmeyen bir yanma, yangın veya ateş olayı mı var?

Çoğu insan, belki de bilim insanlarının bu olayı yeterince iyi anlatamamasından dolayı (iğneyi birazda kendimize batıralım), Güneş’in gezegenimizde bildiğimiz ateşe benzer biçimde “yanarak” enerji ürettiğini düşünüyor.

Eğer bu şekilde bir fikniniz varsa tamamen yanıldınız! Ateş dediğimiz şey, herhangi bir bileşiğin oksijen atomu ile reaksiyona girmesi sonucunda oluşur. Yani kimyasal bir reaksiyondur. Yanıcı gazların, havada bulunan oksijen atomu ile temas etmeleri halinde bu kimyasal reaksiyon gerçekleşir. Yani ateşin ortaya çıkabilmesi için kesinlikle oksijene ihtiyaç var.

Oysaki Güneşte oksijen yok!

Güneş, %73’ü Hidrojen, %25’i Helyum ve diğer elementlerden (gazlardan) oluşuyor. Güneş, kimyasal reaksiyonlar sonucunda değil, nükleer füzyon reaksiyonlar sonucunda ısı ve ışık açığa çıkarır. Devasa büyüklükte nükleer bir reaktör olan Güneş, içinde bulundurduğu Hidrojen atomlarını, çekirdeğinde oluşturduğu nükleer füzyon reaksiyonları sonucunda Helyum’a dönüştürmeye başlar. Bu süreç sonucunda ortaya helyum, ısı ve ışığın açığa çıkmasına neden olur. Bu görünürde bir parlama olayına neden olur.

Güneş’in parlamasını sağlayan şey, “çok ağır” olmasıdır. O kadar ağırdır ki, merkezinde bulunan atomlar bu ağırlığın basıncına dayanamayarak birbirleriyle birleşmeye başlarlar. Dolayısıyla, Güneş’i söndürmek için üzerine su dökmek veya Güneş’i kaldırıp komple suya atmak (biraz saçama ama) onu söndüremez. Tam aksine, üzerine döktüğünüz su Güneş’in yüksek kütle çekimi tarafından çekilip kendi kütlesine eklenir. Bu “su”, merkez bölgesindeki basıncı artırır ve yıldızımızın daha fazla parlamasını sağlar. Yani Güneş, eklediğiniz o suyu da yakıt olarak kullanır.

Güneşin merkezinde bulunan nükleer çekirdek reaksiyonları, geçen her saniye yaklaşık dört milyon ton enerji açığa çıkarır. Peki bu işin bir sonu var mı? Bitecek mi bu reaksiyonlar?

Maalesef her güzel şeyin bir sonu var. Ancak önümüzdeki beş milyar yıl boyunca endişe edecek bir şey yok. Keyifle dünya üzerinde takılabilirsiniz.

Sonuç: “Güneşte ateş yoktur.”

The post Güneşte Ateş, Yangın vs. Yok! Neden mi? | Yazıyı Okuyun! appeared first on TechWorm.

DNA zincirinin önceden belirlenen bir bölgesini çoğaltmak için kullanılan Polimeraz Zincir Reaksiyonu moleküler genetik alanında devrim niteliği taşıyan bir yöntemdir. Real-Time PCR ise geleneksel PCR’ın uygulama alanlarını arttırırken PCR’la ilişkili pek çok laboratuvar sorununa çözüm getiren yenilikçi bir metottur. Real-Time PCR yöntemi, nükleik asit amplifikasyonu ile eş zamanlı olarak artış gösteren floresan sinyalinin ölçülmesiyle, kantitatif sonuç alınabilen bir PCR yöntemidir. Real-Time PCR’ın avantajlarını kısaca şu şekilde açıklayabiliriz.

1- Kısa sürede sonuç almak mümkündür.  Sıcaklık döngülerinin hızlı uygulanması ve floresan okunması aynı cihaz içinde ve aynı tüp içinde gerçekleşmektedir. Real-time PCR’da ürünlerin analizi reaksiyon sırasında yapılmaktadır. Bu nedenle; agaroz jel elektroforezi, DNA bantlarının mor ötesi ışık altında görüntülenmesi gibi işlemlerin uygulanmasına gerek kalmamaktadır.

2- Real-Time PCR pratiktir. Aynı cihaz içerisinde hem çoğaltma işleminin, hem de çoğaltılan ürünleri saptama işleminin yapılabilmesi, bu yöntemi çok pratik bir yöntem haline getirmiştir.

3- Kontaminasyon riski oldukça düşüktür. Tüpler açılmadan test tamamlandığı için kontaminasyon riski de azalmaktadır.

4- Mutasyon çalışması yapılmak isteniyorsa floresans veren problar kullanılarak hedef nükleik asitteki mutasyonlar kolaylıkla saptanabilmektedir

5- Rekabet nedeniyle ucuzdur.

Elde Edilen Ürünlerin Varlığı Nasıl Anlaşılır?

Real-time PCR’da amplifikasyon sonrasında elde edilen ürün varlığının saptanması çeşitli şekillerde yapılabilir. Bunlardan birincisi özgül olmayan bir yöntem olan çift zincirli DNA boyalarının kullanılmasıdır. Bu amaçla en sık kullanılan boya SYBR Green I’dir. Primerlerin bağlanmasını takiben gerçekleştirilen polimerizasyon aşamasında hedef DNA’nın çift sarmal hale gelmesiyle DNA’ya bağlanan boya miktarı artar ve buna bağlı olarak yayılan floresans miktarında artış gözlenir. Elde edilen floresansın istenen hedef bölgenin amplifikasyonuyla mı gerçekleştiği, yoksa non-spesifik bir ürün mü olduğunu anlayabilmek için “melting curve” (erime eğrisi) analizi yapılır. Çoğaltılan hedefin özgül olarak saptanması amacıyla işaretli problar kullanılır. Prob formatları 7 arasında en sıklıkla FRET (Fluorescens Resonance Energy Transfer), Taqman ve Molecular Beacons yer almaktadır.

Real Time PCR’da Probların Önemi Nedir?

Aslında bu metodu geleneksel PCR yönteminden ayıran en önemli kriterlerden biri problardır. Bu nedenle özellikle uygun prob seçimi, real-time PCR işleminin verimliliğini etkileyen en önemli basamaklardan biridir. Probun işlevi, cihaz içerisinde gerçekleştirilmiş olan çoğaltma işleminin gözle görülür hale getirilmesidir. Prob kullanılmadan da, PCR tüpü içerisinde uygun primerlerin, dNTP’lerin ve enzimin kullanımıyla PCR işlemi gerçekleşecektir. Ancak prob kullanılmadan sonucun real-time PCR cihazının bilgisayarında görüntülenmesi mümkün olmayacaktır.

Elde Edilen Ürün Miktarı Nasıl Anlaşılır?

Real-time PCR’da oluşan ürün miktarı reaksiyon boyunca oluşan ürün miktarıyla orantılı olarak artan floresan boya ve probların verdiği sinyalin izlenmesiyle anlaşılır ve amplifikasyonun devir sayısı belirli miktardaki DNA moleküllerinin elde edilmesi açısında da gereklidir.

The post Real Time PCR Hakkında Bilinmesi Gerekenler appeared first on TechWorm.